可進行綜合分析。裝上波長色散X射線譜儀（WDX）或能量色散X射線譜儀（EDX），使具有電子探針的功能，也能檢測樣品發(fā)出的反射電子、X射線、陰極熒光、透射電子、俄歇電子等。把掃描電鏡擴大應用到各種顯微的和微區(qū)的分析方式，顯示出了掃描電鏡的多功能。另外，還可以在觀察形貌圖象的同時，對樣品任選微區(qū)進行分析；裝上半導體試樣座附件，通過電動勢象放大器可以直接觀察晶體管或集成電路中的PN結和微觀缺陷。由于不少掃描電鏡電子探針實現(xiàn)了電子計算機自動和半自動控制，因而大大提高了定量分析的速度。



衍射圖樣的動態(tài)范圍通常非常大。對于晶體樣品，這個動態(tài)范圍通常超出了CCD所能記錄的大范圍。因此TEM通常裝備有膠卷暗盒以記錄這些圖像。對衍射圖樣點對點的分析非常復雜，這是由于圖像與樣品的厚度和方向、物鏡的失焦、球面像差和色差等等因素都有非常密切的關系。盡管可以對格點圖像對比度進行定量的解釋，然而分析本質上非常復雜，需要大量的計算機來計算。衍射平面還有更加復雜的表現(xiàn)，例如晶體格點的多次衍射造成的菊池線。在會聚電子束衍射技術中，會聚電子束在樣品表面形成一個極細的探針，從而產(chǎn)生了不平行的會聚波前，而匯聚電子束與樣品的作用可以提供樣品結構以外的信息，例如樣品的厚度等等。

電子能量損失光譜儀通常在光譜模式和圖像模式上操作，植物***電鏡檢測服務，這樣就可以隔離或者排除特定的散射電子束。由于在許多圖像中，非彈性散射電子束包含了許多操作者不關心的信息，從而降低了有用信息的可觀測性。這樣，電子能量損失光譜學技術可以通過排除不需要的電子束有效提高亮場觀測圖像與暗場觀測圖像的對比度。

晶體結構可以通過高分辨率透射電子顯微鏡來研究，這種技術也被稱為相襯顯微技術。當使用場發(fā)射電子源的時候，觀測圖像通過由電子與樣品相互作用導致的電子波相位的差別重構得出。然而由于圖像還依賴于射在屏幕上的電子的數(shù)量，對相襯圖像的識別更加復雜。然而，這種成像方法的優(yōu)勢在于可以提供有關樣品的更多信息。

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